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L'inizio dell'infezione avviene per l' ingestione di un numero anche limitato di oocisti che si schiudono a livello intestinale liberando ciascuna quattro sporozoiti infettanti.

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Lo sporozoita infetta le cellule dell' epitelio intestinale e qui forma cryptosporidium nelle feci vacuolo parassitoforo diverso da quello di altri parassiti Apicomplexa. Ne consegue che il parassita appare come attaccato alla superficie della cellula infettata, sebbene sia in realtà avvolto dalla membrana plasmatica di questa. All'interno del vacuolo parassitoforo si ha la replicazione asessuata del protozoo tramite schizogonia, processo che culmina nella formazione di un cosiddetto meronte di tipo Iil quale contiene 8 cryptosporidium nelle feci geneticamente identici.

I merozoiti possono infettare le cellule circostanti propagando l'infezione ad altre aree della mucosa intestinale, per poi replicarsi sempre tramite schizogonia e dare origine ai meronti di tipo II, ciascuno contenente 4 merozoiti. Lo zigote maturerà poi ad oocisti, al cui interno si formeranno 4 sporozoiti attraverso un processo di replicazione sessuata quindi con possibilità di ricombinazione genetica fra cromosomi omologhidetto sporulazione.

L'oocisti matura, protetta da una resistente parete proteica, viene rilasciata nel cryptosporidium nelle feci intestinale in seguito a lisi della cellula ospite e quindi dispersa cryptosporidium nelle feci esterno tramite le feci, pronta ad infettare un nuovo individuo.

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